O indivíduo que tem uma pressão arterial de 120 x 80 mmHg, uma temperatura de 36,8º C, que tem níveis adequados na bioquímica do sangue, que evacua diariamente, que tem calafrios quando precisa produzir calor devido à baixas temperaturas ou que produz suor na situação de calor, que atravessa situações de stress (emocionais, infecciosas, traumáticas) e logo se recompõe, é um indivíduo que está em bom equilíbrio homeostático. Está neuromodulado de forma adequada, e como vimos esta situação depende do funcionamento do sistema nervoso.

Por outro lado, indivíduos com patologias crônicas, principalmente, estão neuromodulados no padrão correspondente às mesmas. É o caso das pessoas com dor crônica disseminada, por exemplo com fibromialgia, ou com lombalgia crônica, ou que sofrem de dor pós cirúrgica há anos, ou que são diabéticos ou obesos, ou que convivem com o seu colo irritável, etc. Mais uma vez o sistema nervoso está envolvido, mas agora suas conexões neurais foram alteradas, e com isto o mesmo se torna o responsável pela perpetuação do estado patológico do indivíduo.

Através da atuação no sistema nervoso periférico, a acupuntura procura neuromodular o organismo em direção a um estado o mais próximo possível do equilíbrio homeostático ideal, e muitas vezes isto é alcançado. A cura, ou alívio de sintomas por meio da acupuntura, é um processo de aprendizagem do organismo, semelhante ao que levou ao adoecimento, mas no sentido inverso. Assim, quadros clínicos agudos respondem mais prontamente ao tratamento (o paciente ainda não está neuromodulado, ou seja,  estável,  naquela condição), enquanto processos crônicos tem uma resposta mais lenta, e com frequência parcial.

A analgesia, atribuída à liberação de endorfinas pelo estímulo das agulhas, ocorre por mecanismos situados na medula espinhal, mas também ao ativar o sistema inibitório descendente da dor, desde o nível cerebral até a medula. É o efeito mais conhecido da acupuntura no organismo, mas não é o único.

A técnica produz efeitos no sistema nervoso autônomo, regulando o funcionamento de nossas vísceras. A modulação da atividade simpática (uma das divisões do sistema nervoso autônomo) regional contribui para o controle das inflamações e para o alívio da dor em áreas afetadas do corpo. No sistema motor, promove a recuperação funcional do sistema musculoesquelético e da propriocepção, que garante nosso equilíbrio e nossa consciência corporal. 

Os efeitos relacionados com a modulação do eixo neuro hipotálamo hipofisário promovem mudanças adaptativas que acompanham o desligamento das estruturas cerebrais que mantém a resposta sustentada ao stress. Este seria um dos mecanismos pelos quais a acupuntura conduz o organismo a um ponto de regulação homeostática mais próximo da normalidade fisiológica, repercutindo sobre o humor, a regulação do sono e sobre o sistema imunitário. Estes efeitos, e mais a analgesia, coincidem com a liberação de endorfinas e neurotransmissores e são mais pronunciados com o uso de corrente elétrica (eletroacupuntura).

A acupuntura depende da integridade do sistema nervoso para atuar. Na acupuntura neurofuncional o agulhamento das estruturas baseia-se no conhecimento científico contemporâneo.

Nas disfunções somáticas, o médico que pratica acupuntura neurofuncional deve conhecer a biomecânica do organismo, onde os músculos se originam e se inserem, quais suas ações, quais seus agonistas (que ajudam determinado movimento do músculo) e antagonistas (que precisam estar relaxados para permiti-los), qual a sua inervação e a origem destes nervos.  Um exame físico apropriado permite avaliar como a função dos músculos está afetada, e assim direcionar o agulhamento e as técnicas a serem aplicadas em cada caso. A repetição das manobras semióticas após o tratamento permite constatar seu resultado.
 

No tratamento dos distúrbios viscerais, deve conhecer a inervação de cada órgão, sua origem nos segmentos da coluna e onde agulhar na periferia para modular a víscera afetada.  Isso exige o conhecimento dos viscerótomos, dos dermátomos, dos miótomos e dos esclerótomos (regiões do corpo relativos às vísceras, à pele, aos músculos e às articulações, respectivamente), cujos nervos se intercomunicam na medula espinhal. Por exemplo, podemos tratar uma cólica renal agulhando o músculo quadrado lombar,  pois a inervação da cápsula renal e deste músculo está no mesmo nível medular.  
 

É a ativação repetida de sistemas fisiológicos pela acupuntura que vai treinar o organismo a continuar essa atividade, modulando-o de forma mais apropriada e mantendo assim, por longo prazo, os efeitos da técnica.

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O termo Acupuntura Neurofuncional foi cunhado pelo Grupo de Estudos de Acupuntura Neurofuncional (GEANF) do Rio Grande do Sul em substituição ao nome Acupuntura Médica Contemporânea, também utilizado para designar a técnica aplicada sob o paradigma das Neurociências.  O termo tem sido adotado no Brasil e em outros países.